Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Magelang (FAI UNIMMA), yang semula bernama Fakultas Tarbiyah Universitas Muhammadiyah Magelang, berdiri pada tahun 1968. Pendirian fakultas ini dilatarbelakangi oleh meningkatnya kesadaran masyarakat tentang pentingnya pendidikan bercirikan Islam sebagai tempat membina kader dan da’i yang berkualitas. Selain itu, fakultas ini didirikan untuk menampung lulusan pendidikan menengah, khususnya lulusan PGA, yang ingin melanjutkan studi lebih tinggi dalam rangka memperdalam ilmu agama Islam.
Berdasarkan latar belakang tersebut, dibentuklah panitia pendiri fakultas yang terdiri dari: Ketua R. Slamet Widya Susanto, C.P.A.; Wakil Ketua Drs. Adam Chairil Basori dan Drs. A. Noerhadi Djamal; Bendahara Suparlan, B.Sc.; serta para Anggota yaitu Drs. Noerbakin, Dr. Haryono Adenan, Marzuki, B.A., Drs. Zarkasji Noor, dan Wazir Nuri, B.A. Melalui perjuangan panjang dan kerja keras panitia tersebut, pada tanggal 12 Mei 1968 Fakultas Tarbiyah (kemudian menjadi Fakultas Agama Islam) Universitas Muhammadiyah Magelang resmi berdiri setelah memperoleh SK Majelis Ilmiyah dan Perguruan Tinggi Muhammadiyah (MIPTI) Jawa Tengah Biro IKIP/IAIN No. K/9-4/1948 Tahun 1968, dengan status sebagai cabang dari IAIN Surakarta.
Pada awalnya, Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) yang diselenggarakan adalah jenjang Sarjana Muda (B.A), dengan ijazah yang disamakan melalui SK Menteri Agama RI No. 21 Tahun 1966. Program ini berlangsung hingga tahun 1987. Kemudian pada tahun 1988, Program Sarjana Muda tersebut berubah menjadi Program Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang Strata 1 (S1).
Sejak menjadi cabang IAIN Surakarta, Fakultas Agama Islam dalam perjalanannya mengalami pasang surut. Sebelum berafiliasi dengan KOPERTAIS Wilayah X Jawa Tengah, Fakultas Tarbiyah Universitas Muhammadiyah Magelang sempat menginduk pada Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (KOPERTAIS Wilayah III Yogyakarta).
Pada tahun 1987, Program Sarjana Muda berakhir dan memperoleh status “diakui” melalui SK Menteri Agama RI No. 39 Tahun 1979 tanggal 19 Mei 1987. Memasuki Tahun Akademik 1988/1989, Program Studi PAI jenjang Sarjana Muda resmi beralih menjadi Program Studi PAI jenjang Strata 1 berdasarkan SK Menteri Agama RI No. 219 Tahun 1988 tanggal 1 Desember 1988 dengan status “terdaftar.” Kemudian pada tahun 1991, dilakukan penyesuaian jalur, jenjang, dan program pendidikan untuk jurusan PAI, sehingga memperoleh status “diakui” melalui SK Menteri Agama RI No. 69 Tahun 1991 tanggal 23 April 1991.
Sejak diberlakukannya akreditasi Perguruan Tinggi, pada tahun 1998 Program Studi PAI jenjang S1 FAI UNIMMA memperoleh akreditasi dengan peringkat C berdasarkan SK BAN-PT Nomor 002/BAN-PT/AK-II/XII/1998, dan diberi hak melaksanakan ujian mandiri selama tiga tahun, hingga 2001. Pada akreditasi ulang tahun 2002, Program Studi PAI memperoleh peringkat B melalui SK BAN-PT No. 004/BAN-PT/AK-V/S1/IV/2002, yang berlaku hingga tahun 2007. Kemudian pada tahun 2007, Program Studi PAI kembali memperoleh akreditasi “B” melalui SK No. 030/BAN-PT/AK/IX/S.1/XII/2007 yang berlaku hingga 4 Desember 2012.
Sejalan dengan keinginan mengembangkan program studi, pada Tahun Akademik 2000/2001 FAI UNIMMA membuka Program Diploma Dua (DII) Pendidikan Guru SD/MI (PGSD/MI) dan Pendidikan Guru Taman Kanak-Kanak Islam (PGTKI). Kedua program ini pada awalnya melekat (include) pada Program Studi PAI S1. Namun, melalui surat dari Ditjen Binbaga Depag RI, ditetapkan bahwa Program D2 PGSD/MI dan PGTKI tidak otomatis melekat pada Program Studi PAI S1.