Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Magelang (FAI UNIMMA) yang semula bernama Fakultas Tarbiyah Universitas Muhammadiyah Magelang berdiri pada tahun 1968. alasan didirikannya Fakultas terebut karena adanya kesadaran masyarakat tentang arti pentingnya pendidikan yang bercirikan Islam sebagai tempat membina Kader-kader dan Da’i yang berkualitas. Disamping itu, maksud didirikannya adalah untuk menampung para pelajar yang telah lulus pendidikan menengah pada umumnya dan PGA pada khususnya yang berminat untuk melanjutkan pendidikan yang lebih tinggi untuk memperdalam pengetahuan agama Islam.
Berdasarkan latar belakang tersebut dibentuklah panitia pendiri Fakultas yang terdiri atas: Ketua, R Slamet Widya susanto, C.P.A ; Wakil Ketua, Drs. Adam Chairil Basori, Drs. A. Noerhadi Djamal; Bendahara, Suparlan, B.Sc. , dengan para Anggota: Drs Noerbakin, Dr. Haryono Adenan, Marzuki, BA. Drs. Zarkasji Noor, dan Wazir Nuri BA, melalui perjuangan panjang dan kerja keras panitia tersebut, maka pada tanggal 12 Mei 1968 Fakultas Tarbiyah (Fakultas Agama Islam) Universitas Muhammadiyah Magelang resmi berdiri dengan memperoleh SK Majelis Ilmiyah dan Perguruan Tinggi Muhammadiyah (MIPTI) Jawa Tengah Biro IKIP/IAIN No.K/9-4/1948 tanggal 10 Tahun 1968 dan bersetatus cabang dari IAIN Surakarta.
Pada awalnya Program Studi Pendidikan Agama Islam yang diselenggarakan adalah Jenjang Sarjana Muda (BA) dengan memperoleh Ijazah yang disamakan melalui SK Menteri Agama RI no 21 Tahun 1966 dan program ini berlangsung hingga Tahun 1987, dan baru pada Tahun 1988 Program Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang Sarjana Muda berubah menjadi Program Pendidikan Agama Islam (PAI) Sarjana Strata 1 (S1).
Semenjak menjadi cabang IAIN Surakarta Program Sarjana Muda, Fakultas Agama Islam (FAI), dalam perjalanannya mengalami pasang surut. Sebelum berafiliasi dengan KOPERTAIS Wilayah X Jawa Tengah, Fakultas Tarbiyah Universitas Muhammadiyah Magelang mulanya menginduk pada Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta (Kopertais Wilayah III Yogyakarta).
Pada tahun 1987 Program Pendidikan Sarjana Muda berakhir dan memperoleh status diakui melalui SK Menteri Agama RI no 39 tahun 1979 tanggal 19 Mei 1987. memasuki Tahun Akademik 1988/1989 Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang sarjana muda beralih menjadi Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) jenjang Strata Satu (S1) berdasarkan SK Menteri Agama RI No 219 Tahun 1988 Tanggal 1 Desember 1988 dengan status “terdaftar”. Kemudian Tahun 1991 ditetapkan kembali penyesuaian jalur jenjang dan Program Pendidikan Fakultas Agama Islam untuk jurusan PAI dengan memperoleh status “diakui” melalui surat keputusan Menteri Agama RI No 69 Tahun 1991 Tanggal 23 April 1991.
Semenjak diberlakukannya akreditasi Perguruan Tinggi, maka pada Tahun 1998 berdasarkan Badan Akreditasi Nasional (BAN) perguruan tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI Nomor: 002/BAN-PT/AK-II/XII/1998, Program Studi PAI jenjang S1 FAI Universitas Muhammadiyah Magelang memperoleh status Akreditas dengan peringkat C dan diberi hak melaksanakan ujian Mandiri selam 3 tahun. Hingga sampai tahun 2001.pada tahun 2002 melalui akreditasi ulang, program studi PAI jenjang S1 FAI Universitas Muhammadiyah Magelang memperoleh status terakreditasi dengan peringkat B berdasarkan SK BAN PT no: 004/BAN-PT/AK-V/S1/IV/2002 dan berlaku sampai tahun 2007. pada tahun 2007 dengan SK No.030/BAN-PT/AK/IX/S.1/XII/2007 Program Studi PAI dapat status Akreditasi “B” yang berakhir sampai 4 Desember 2012.
Searah dengan keinginan untuk mengembangkan Program Studi FAI Universitas Muhammadiyah Magelang, pada tahun akademik 200/2001, FAI Universitas Muhammadiyah Magelang membuka Program Diploma Dua (DII) untuk Pendidikan Guru SD/MI (PGSD/MI) dan Program Pendidikan Guru TKI (PGTKI) dengan status yang melekat (include) pada Program PAI S1. selanjutnya melalui surat Ditjen Binbaga Depag RI, yang menyatakan bahwa Program D2 PGSD/MI dan PGTKI tidak otomatis melekat pada Program Studi PAI S1.