FAI UNIMMA hadir dengan empat program studi unggulan, tiga program strata satu (S1), yaitu: pertama, Pendidikan Agama Islam (PAI) yang siap mencetak guru-guru agama di madrasah dan sekolah; kedua, Hukum Ekonomi Syariah (Mu’amalah) dengan branding utama hukum dan perbankan syariah; dan ketiga, Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) yang mencetak guru MI plus, yaitu mampu menyiapkan guru-guru mata pelajaran umum sekaligus mata pelajaran agama; dan satu program strata dua (S2) yaitu Magister Manajemen Pendidikan Islam (MPI) sebagai jenjang lanjutan atas program studi PAI dan PGMI.

Saat ini, semua Program Studi yang ada di FAI UNIMMA sudah Terkareditasi Unggul. Para alumni juga tersebar di seluruh Indonesia dengan berbagai profesi seperti ASN, Pendidik, instansi baik negeri maupun swasta, dan lain sebagainya.